Setting BootKeys
Sewaktu komputer booting, user diperkenankan untuk memilih pilihan booting sehingga pengguna dapat memilih untuk booting ke Windows, MSDOS, Safe mode, dan lain-lain. Hal ini dapat dilakukan bila user menekan tombol F8 sesaat setelah tampil tabel Configurations System pada layar monitor. msdos.sys jugalah yang mengatur diterima atau tidaknya penekanan tombol F8, yaitu pada setting Bootkeys di bawah ini:
BootKeys = 0
(penekanan tombol F8 diterima)
BootKeys = 1
(penekanan tombol F8 tidak
diterima)

Setting BootMenu
Dalam kaitannya dengan proses booting setelah user menekan tombol F8, maka akan tampil pilihan menu booting seperti di bawah ini:
Microsoft Windows 98 Start Up Menu
1. Normal
2. Logged (\Bootlog.txt)
3. Safe Mode
4. Step-by-step Confirmation
5. Command Prompt Only
6. Safe Mode Command Prompt Only
Menu tersebut meminta user untuk menentukan pilihan modus yang akan digunakan dalam proses booting, apakah normal, Safe mode atau yang lain. Setting BootMenu juga dapat ditambahkan ke msdos.sys agar selalu menampilkan pilihan menu di atas meskipun user tidak menekan tombol F8.
BootMenu = 0
(menu tidak akan tampil meski user menekan F8)
BootMenu = 1
(menu selalu tampil meski user tidak menekan F8)

Setting BootDelay
Masih juga berkaitan dengan topik di atas, jeda waktu yang diberikan kepada user untuk menekan tombol F8 juga dapat diatur dengan msdos.sys. Isikan saja setting BootDelay pada bagian Option pada msdos.sys dengan waktu yang pembaca inginkan. Secara default (bawaan) jeda waktu yang diberikan adalah 2 detik. Misalnya kita ingin membuat jeda waktunya 4 detik, maka masukkan setting berikut ini dalam msdos.sys:
BootDelay = 4
(Membuat jeda waktu 4 detik)

Setting Logo
Pada awal mula komputer booting maka secara otomatis akan ditampilkan logo Windows yang memenuhi layar monitor. Dengan penekanan tombol Esc maka logo Windows akan hilang. Tetapi beberapa saat kemudian akan tampil lagi. Dan pada saat komputer booting ulang maka logo Windows akan tampil lagi. Setting Logo di sini berperan dalam masalah ini. Tambahkan setting Logo di bawah bagian Option untuk menentukan apakah logo Windows akan tampil atau tidak tampil secara permanen.
Logo = 1
(Logo Windows akan ditampilkan)
Logo = 0
(Logo Windows tidak ditampilkan) Bila Anda menambahkan setting Logo = 0, maka logo Windows tidak akan ditampilkan. Yang ada hanya tulisan Starting Windows 98 … yang tampil setelah tabel System Configuration. Itulah setting-setting yang dapat Anda gunakan saat ingin bermain-main dengan file msdos.sys. Sebagai catatan yang perlu sekali diingat, file ini adalah file sistem, kesalahan pengaturan akan mengakibatkan Windows tidak berjalan normal atau bahkan corrupt.